浮游動(dòng)物
    現(xiàn)有浮游動(dòng)物(僅包括原生生物、輪蟲、枝角類和橈足類四大類)46種，其中原生生物14種，隸屬9科10屬；輪蟲18種，隸屬10科14屬；枝角類8種，隸屬6科7屬；橈足類5種，隸屬4科5屬。區(qū)內(nèi)的原生動(dòng)物大多數(shù)具有世界性分布的特點(diǎn)，但多屬東洋界地理成分；輪蟲和枝角類多屬?gòu)V溫性種類；橈足類多為東洋種類。

昆 蟲
    保護(hù)區(qū)共有昆蟲10目63科227種，其中江西新紀(jì)錄6種，其區(qū)系結(jié)構(gòu)相當(dāng)復(fù)雜，與世界各大界均有不同程度的聯(lián)系，區(qū)系組成以東洋界和東洋、古北二界共有種為主體，形成古北、東洋兩大區(qū)系交叉重疊現(xiàn)象。

軟體動(dòng)物
    整個(gè)鄱陽(yáng)湖記錄有軟體動(dòng)物42種，鄱陽(yáng)湖自然保護(hù)區(qū)目前只記錄到15種，其中腹足類10種，隸屬3科7屬；瓣鰓類5種，隸屬3科4屬。區(qū)內(nèi)釘螺對(duì)群眾健康不利，是日本血吸蟲的中間宿主。

魚 類
    鄱陽(yáng)湖有著豐富的魚類資源，共有魚類21科122種，既有定居性的湖泊型魚類，又有回游、半回游性的魚類。其中，以鯉科魚類最多，計(jì)65種53.3%,其次為鮠科、鰍科、銀魚科魚類。產(chǎn)量較多、經(jīng)濟(jì)價(jià)值較高的有鯉、鯽、鰍、青、草、鰱、鳙等30多種。
鄱陽(yáng)湖有記載的鱘科魚類中華鱘、白鱘是國(guó)家一級(jí)保護(hù)動(dòng)物；鰣魚已被列入中國(guó)瀕危動(dòng)物紅皮書中保護(hù)魚類。

兩棲爬行類
    鄱陽(yáng)湖沿湖及丘陵地區(qū)共有兩棲類13種，爬行類50種。

鳥 類
    保護(hù)區(qū)現(xiàn)有鳥類310種，隸屬于17目55科，其中國(guó)家一級(jí)保護(hù)動(dòng)物10種，二級(jí)保護(hù)動(dòng)物40種，屬于中日候鳥保護(hù)協(xié)定的鳥類有153種，占該協(xié)定中鳥類總數(shù)227種的67.4%；屬于中澳候鳥保護(hù)協(xié)定的鳥類有47種，占該協(xié)中鳥類總數(shù)81種的58%。
    整個(gè)鄱陽(yáng)湖地區(qū)越冬水禽主要分布在鄱陽(yáng)湖自然保護(hù)區(qū)的九個(gè)湖泊中，海拔13.5－17米地帶為候鳥最適宜棲息地。白鶴、白頭鶴、白枕鶴、灰鶴、東方白鸛、黑鸛以及鷺類和鸻鷸類等涉禽，主要棲息在湖邊、泥灘或淺水區(qū)域中。白頭鶴、白枕鶴、灰鶴還經(jīng)常到草洲上活動(dòng)，東方白鸛也經(jīng)常到收割過(guò)的農(nóng)田中棲息。小天鵝、白額雁等雁鴨類水禽棲息于深水域中，但赤麻鴨比較特別，主要棲息在草灘或湖邊的泥灘上。
    鄱陽(yáng)湖國(guó)家級(jí)自然保護(hù)區(qū)越冬候鳥的最大特點(diǎn)是珍稀、瀕危鳥類的種類多，數(shù)量也大。鄱陽(yáng)湖國(guó)家級(jí)自然保護(hù)區(qū)是世界上最重要的白鶴、東方白鸛、鴻雁越冬地，每年到鄱陽(yáng)湖國(guó)家級(jí)自然保護(hù)區(qū)越冬的白鶴最少近1000只，最多達(dá)3100只，近年每年來(lái)鄱陽(yáng)湖國(guó)家級(jí)自然保護(hù)區(qū)越冬的東方白鸛也在1000只以上，最高達(dá)1873只，鴻雁上萬(wàn)只，最高達(dá)4萬(wàn)多只。鄱陽(yáng)湖國(guó)家級(jí)自然保護(hù)區(qū)還是大鴇、黑鸛、小天鵝、白額雁、白琵鷺的重要越冬地。

哺乳類
    據(jù)不完全調(diào)查，整個(gè)鄱陽(yáng)湖地區(qū)有獸類45種，保護(hù)區(qū)有31種。有河麂、穿山甲、江豚、小靈貓等4種國(guó)家二級(jí)保護(hù)動(dòng)物。